Появление Баптистских Церквей в Америке также было связано с «роением» пуритан. Роджер Вильямс (ок. 1603–1683), который получил образование англиканского служителя в Кембридже, вскоре принял сепаратистские взгляды. Независимость ума увела его от враждебной Англии в Бостон в 1631 году. Оттуда он отправился в Плимут, поскольку считал, что бостонская Церковь недостаточно очистила себя. В течение двух лет он служил в Плимуте. Когда Церковь в Салеме пригласила его в качестве пастора в 1635 году, Генеральный суд воспрепятствовал этому на настоянию Джона Коттона. Вильямсу было приказано выбыть с территории, находящейся под юрисдикцией Коттона, в течение шести недель, из-за того, что он поддерживал право индейцев на владение землей, противостоял государственной Церкви и настаивал на том, что магистраты не имеют власти над религиозными взглядами человека. Оставив свою жену и детей в пустом доме, он бежал в лес глубокой ночью и скитался там, пока дружественные индейцы не дали ему помощь. В 1636 году он приобрел землю у индейцев и основал Провиденс.

Основатель первой баптистской церкви в Америке, Роджер Вильямс родился в Лондоне и был воспитан в духе епископальной церкви, приходским священником которой его впоследствии сделали.

Разочаровавшись в своей церкви из-за ее приверженности ритуалам и церемониям, он стал пуританином. Вильямс едет в Америку и проповедует в Бостоне и Плимуте, штат Массачусетс, где учит доктрине отделения церкви от государства и проповедует полную религиозную свободу.

Уже вскоре после своего приезда Вильямс вызвал немалое волнение, что ясно видно из статьи в «Magnolia» Коттона Мэзера: «В 1654 году некая ветряная мельница в нижних селениях крутится с необычайной силою по причине неистовой бури; ее каменные жернова, в конце концов, раскалились от быстрого движения так сильно, что пламя охватывает мельницу, откуда языки пламени, раздуваемые окрест сильными ветрами, подожгли весь город. Но я могу сказать читателю, что за двадцать лет до этого, в Америке был целый район, готовый воспылать огнем от быстрого вращения ветряной мельницы в голове одного особенного человека».

Ветряная мельница в голове Вильямса была ничем иным, как упрямой честностью и прямотой речи. Он осуждал нежелания церквей привсенародно отделиться от лжепрактикующей Англиканской церкви. Кроме того, Вильямс нападал на хартию, присваивающую землям статус колонии, и говорил, что король не имеет права на эти земли, и что законная хартия может быть получена лишь от индейцев.

За свои убеждения и проповеди Вильямс был выслан из Салема, после чего он отправился в Наррагапсет Бэй, где начинает проводить миссионерскую деятельность среди индейцев. Именно там, на земле, купленной у индейцев, он основал поселение Провиденс, Род-Айленд. В это же время он становится баптистом, и впервые после его обращения его крестят погружением в воду. С 1654 по 1657 год он служит правителем основанной им колонии, но, даже будучи государственным чиновником, практикует отделение Церкви от государства. Среди других жителей Новой Англии он выделялся исключительной ревностью, с которой он настаивал на том, что все в одинаковой мере обязаны выполнять все, что требует Бог. Воля Божия должна быть выполнена, чего бы ни диктовали иные, земные побуждения.

На следующий год миссис Анна Хатчинсон (1591–1643) вызвала недовольство властей из-за собраний в ее доме, где она провозглашала так называемый «завет благодати». Этот завет противоречил завету служения, который, как она говорила, провозглашали все служители, кроме Джона Коттона. Неприятности ей причинила проповедь внутреннего озарения и провозглашение полной уверенности в спасении. Высланная из колонии незадолго до рождения ее ребенка, она были вынуждена идти холодной зимой на Род-Айленд, где она и ее последователи поселились в Нью-Порте и Портсмуте. Джон Кларк (1609–1676), врач и проповедник, стал наставником и пресвитером Церкви в Нью-Порте в 1638 году, но точно неизвестно, была ли эта Церковь Баптистской.

В 1639 году была основана Церковь в Провиденсе, и все ее члены были перекрещены, включая Вильямса. Неясно, было ли совершено крещением погружением, но в любом случае двенадцать человек организовали Церковь по баптистскому образцу. Хотя в Нью-Порте была церковь в 1638 году, первая явно Баптистская Церковь в Нью-Порте, в соответствии с источниками, появилась в 1648 году. Церкви в Нью-Порте и в Провиденсе до сих пор спорят между собой за право называться самой старой Баптистской Церковью в Америке. Вильямс позже отошел к церкви в Провиденсе, но он продолжал приносить пользу колонистам, поскольку помог получить временную хартию для Род-Айленда в 1644 году. Эта хартия была подтверждена хартией 1663 года, дарованной Карлом II. Самый большой вклад Вильямса – то, что он настаивал на отделении Церкви от государства и на свободе совести. Великое баптистское братство современности распространилось благодаря его ранней деятельности на Род-Айленде.