Движение начало формироваться как религиозное течение в 30-х годах XVI века в Нидерландах под влиянием умеренных анабаптистов, которые активизировались после разгрома Мюнстерской коммуны. Движение возглавил католический священник Симонс Менно, по имени которого оно и было названо. Меннониты рассматривают свои общины как общины святых. К основным канонам меннонитского вероучения, которое было окончательно утверждено на Дартской конференции в 1632 году, относятся, кроме общепротестантских принципов спасения и всеобщего священства, покаяние в грехах, сознательное крещение по вере, хлебопреломление, омовение ног, церковное отлучение, отказ от воинской службы.

Меннонитское вероучение поставило его последователей в ситуацию самоизоляции от общества и гоударства. Усиление репрессий против еретических движений в 40-50 годах XVI века заставило многих меннонитов эмигрировать, в основном в Польшу. С 1789 года по указу Екатерины II от 7 сентября 1787 года о привилегиях и льготах меннониты начали переселяться из Польши в Россию. Первоначально они обосновались на правом берегу Днепра в районе о.Хортица. После второго раздела Польши в 1793 году поток переселенцев в Россию еще более усилился. Меннонитам были отведены обширные земли в Таврической губернии около реки Молочные воды.

Меннониты практически не ассимилировали ни в России, ни в других странах. Это связано с тем, что браки между меннонитами заключались только внутри своей конфессиональной общности. Это привело к образованию единой этноконфессиональной общности. В 1851 году меннониты сформировали церковный конвент. В 60-х годах XIX века из меннонитских общин выделилась группировка, которую стали называть братскими меннонитами. Оставшаяся (основная) часть меннонитов, которая поддерживала церковный конвент, называется церковными меннонитами. В 1898 году в США была образована Генеральная конференция, собирающаяся раз в два года, решения которой не обязательны для меннонитских конгрегаций. Привилегии и льготы, а также разумная внутренняя экономика, позволили меннонитам к началу XX века сосредоточить в своих руках огромные капиталы и увеличить собственное землевладение.

К 1916 году в собственности меннонитских общин России находилось свыше миллиона десятин земли. После Октябрьской революции в России и особенно в ходе коллективизации часть меннонитов эмигрировало. Оставшаяся часть меннонитов подверглась сильному социальному воздействию, в результате чего была разрушена традиция заключения одноэтнических брачных союзов, система самоуправления, судопроизводства, социального обеспечения. В результате этих преобразований меннонитская социальная общность была разрушена.