В 1908 году в Киеве состоялся очередной съезд баптистов, на котором был пославлен вопрос о направлении молодых братьев в богословскую семинарию российских немцев-баптистов в польском городе Лодзь. Для их содержания был объявлен сбор средств в общинах. Также стоял вопрос и о сборе средств для строительства баптистской семинарии в России.

На следующем съезде, состоявшемся в 1909 году в Ростове-на-Дону, была избрана делегация для выражения благодарности правительству за дарование закона о веротерпимости, а также для подготовки доклада министру внутренних дел о положении верующих. На этом же съезде было решено ходатайствовать о создании Российского баптистского школьного общества с правом иметь начальные и средние школьные заведения.

В 1910 году Министерство внутренних дел выпустило правила, существенно сужающие действие актов 1905-1906 годов. В 1912 и в 1913 годах выходят два циркуляра, посвященные необходимости строго наблюдения за точным соблюдением баптистами правил 1910 года.

Начиная с этого момента, вновь начинается усиление преследований евангельских верующих, распространенной практикой становится закрытие общин и молитвенных домов, снова звучат хорошо знакомые обвинения в совращении православных. Эти обвинения со временем усиливаются обвинением верующих в прогерманских настроениях и в нелояльности к российскому государству.

В 1911 году на Всероссийском съезде баптистов, который проходил в Москве, был решен вопрос об объединении церквей по районам и о назначении для их обслуживания старших пресвитеров. Также на этом съезде рассматривался вопрос об отношениях с Союзом евангельских христиан. Предложение евангельских христиан о создании объединенного /объединительного/ комитета было отклонено, однако в резолюции съезда речь шла о необходимости поддерживать добрые отношения и братское общение с общинами евангельских христиан и их членами.